Çocuklarda konjenital hipotiroidinin en sık nedeni tiroid disgenezisi, disgenezinin en sık nedeni ektopi, ektopinin en sık bulunduğu bölge de dil altıdır. Çocuklarda edinsel hipotiroidinin en sık nedeni ise erişkinlerde olduğu gibi lenfositik tiroidittir.
Tiroid peroksidaz eksikliği ise tiroid hormon biyosentez bozukluklarının (dishormonogenezis) en sık nedenidir.